Spinalonga aprócska szigete hajdan Krétához tartozott, ám a velenceiek a 15-16. század környékén leválasztották a nagy szigetről, és egy erőddé alakították át.
Történetének leghíresebb és legtragikusabb része azonban 1903-ban kezdődött, amikor Spinalonga a szárazföldtől való elszigeteltsége miatt lepratelepként működött.
Spinalongának két bejárata volt, az egyik a leprások bejárata, a “Dante kapuja” néven ismert alagút. Ezt azért nevezték így, mert a betegek nem tudták, mi fog történni velük, ha megérkeznek. A szigetre érve azonban élelmet, vizet, orvosi ellátást és társadalombiztosítási juttatásokat kaptak. Korábban ezek a kényelmi szolgáltatások nem álltak a krétai leprás betegek rendelkezésére, mivel többnyire a terület barlangjaiban éltek, távol a civilizációtól.
Európa egyik utolsó lepratelepeként csak 1957-ben szűnt meg. Az utolsó lakó, egy pap csak 1962-ben hagyta el a szigetet, hogy fenntartsa azt a görög ortodox hagyományt, miszerint az eltemetett személyről negyven nappal, hat hónappal, egy évvel, három évvel és öt évvel a halála után megemlékeznek.
Spinalonga Victoria Hislop brit írónő “A sziget” című regényének megjelenése után vált világszerte ismertté, amely számos díjat nyert, köztük az év újonca díjat a 2007-es Brit Könyvdíjkiosztón. A Mega Channel Greece a könyv alapján 26 epizódos televíziós sorozatot készített To Nisi (A sziget) címmel; a sorozat premierje 2010. október 11-én volt.
Ma a lakatlan szigetecske, amely kikötési lehetőséggel és strandokkal rendelkezik, Kréta egyik legnépszerűbb turisztikai látványossága. Az elhagyott lepratelep és az erőd mellett Spinalonga a kis kavicsos strandjairól és sekély vizéről is ismert.
